Il ritrovamento dell'immagine della Madonna e gli inizi della vita del Santuario furono accompagnati da avvenimenti soprannaturali, miracolosi.

Tutto il millenario cammino della storia del Santuario, fino ai nostri tempi, è costellato di fatti prodigiosi.

Sul portone di legno del 1833 che immette nella Basilica, in dodici formelle, sono raccontate le vicende che accompagnarono il ritrovamento del dipinto e vengono riportati i primi miracoli ottenuti per intercessione della Madonna.

Una delle formelle riporta la scena di una giovane madre inginocchiata dinanzi all'Icona, le braccia protese, implora Maria.

Le era morto il figlio e aveva domandato che la salma fosse accompagnata, non al cimitero, bensì nel tempio a Materdomini.

Venne accontentata e nella chiesa il figlio ritornò in vita.

Altre formelle ricordano la guarigione di un bambino cieco, la restituzione dell'uso delle gambe a un paralitico, la liberazione di un ossesso.

Nella cappella dedicata a san Basilio, i monaci basiliani fecero collocare una grande tela di Giacinto Diano. Il dipinto raffigura l'imperatore di Germania Enrico III che entra con grande pompa nel tempio dove il sacerdote gli offre l'acqua santa.

La storia ricorda che l'imperatore, sofferente di un male particolarmente vergognoso, forse la lebbra, al contatto dell'acqua santa si sentì guarito.

A seguito dell'ottenuta guarigione furono concessi al Santuario dallo stesso Enrico III, numerosi privilegi e furono fatte munifiche elargizioni.

In alcune bacheche della Basilica sono conservati exvoto di metallo prezioso. Altri doni di valore sono custoditi nel convento.

Tutte le donazioni sono un ringraziamento alla Madonna di Materdomini per la protezione sperimentata, i favori, le grazie, i miracoli ottenuti dai fedeli per sua intercessione.