Nella cupola decorata, dal 1560 al 1572, come nel tamburo, nel fregio e nei pennacchi, dal cremonese Bernardino Gatti, l'imitazione dal Correggio del Duomo, perfino nel soggetto - l'Assunta, gli apostoli sul tamburo ed i putti - è intesa in modo precipuamente barocco, forse dovuto anche alla visione del Pordenone in Santa Maria di Campagna a Piacenza ove del pari il Gatti dipinse.

Con questo pittore che ebbe, oltre il figlio, come aiutante nella decorazione della cupola, il fiammingo Bartholomeus Spranger, ammiratore del Parmigianino fin da quando era in patria e che a Roma porta, vicino agli accenti emiliani, toscani e romani di Raffaellino da Reggio, dello Zuccari e del Salviati, quelli fiamminghi, si può dire si inizi il secondo manierismo parmense.

E di tardi manieristi emiliani o di importazione sono (eccettuato il quadro con la "Madonna in trono e Santi" di Simone Martinazzi detto delle Spade, nella seconda cappella a destra, un pittore ritardatario che dipinge tra la fine del Quattrocento e la prima metà del Cinquecento seguendo le orme del Francia e di Filippo Mazzola) le altre opere della chiesa, cioè le pilastrate a chiaroscuro del braccio destro (nicchione nord) decorate nel 1574 da Mercurio Baiardi, debole seguace di Gerolamo Bedoli, i quadri di Giovanni Sons, fiammingo operante a Bologna e a Parma, con deciso orientamento emiliano, cui appartengono gli ingrandimenti con colonne tortili e putti nelle ante del vecchio organo dipinte dal Parmigianino (nel nicchione di ingresso), e gli sportelli interni delle stesse con la "Fuga in Egitto" e "San Giuseppe che attinge acqua da una fonte" (1573), intressanti soprattutto per il profondo paesaggio ancora di sapore fiammingo (braccio sinistro), mentre più tarda, del 1607, è la "Sacra Famiglia" dello stesso, ora in sagrestia, che rivela l'ormai acquisito linguaggio emiliano.

Del cremonese Giovanni Battista Trotti detto il Malosso è poi il gran quadro col "Paradiso" (sulla porta d'ingresso) in cui scorgiamo, con la chiara ispirazione del Correggio, quella dei bresciani; per questo quadro si conservano nella Pinacoteca di Parma bellissimi disegni.

Ai primi anni del Seicento, ma sempre con chiari accenti rinascimentali di tradizione correggesca, appartengono pure la tela (seconda cappella a sinistra dell'altare) con la "Madonna e i Santi Ilario e Giovanni Battista" di Innocenzo Martini (1607), un epigono dell'officina parmense, e il "Redentore in gloria con in basso Sant'Antonio da Padova e la Maddalena", opera dell'estrema vecchiaia di Alessandro Mazzola (1605) figlio di Gerolamo Bedoli cui chiaramente, se pure fiaccamente, si ispira.

Parallelamente ai quadri ed agli affreschi furono eseguite nel Cinquecento importanti opere di scultura a completare la bella decorazione di balaustre, portali e finestre dei D'Agrate.

Dello stesso Giovan Francesco D'Agrate è il monumento a Sforzino Sforza, nella cappella a sinistra dell'altare maggiore (1533), che riprende il motivo ad arcosolio, con il personaggio disteso sul sepolcro, caro ai fiorentini; qui l'elegante decoratore parmense, uso alla raffinatezza ed alla misurata compenetrazione tra strutture ed ornati, si cimenta per la prima volta nella scultura a tutto tondo che rivela un'armonica compostezza.

Contemporaneo (1531-1536) è poi il monumento a Bertrando Rossi, nella prima cappella a destra, del reggiano Bartolomeo Spani, che a Roma guarda particolarmente la scultura di Michelangelo, ma si rivolge anche alla tradizione toscana come prova la forma ad arcosolio e la figura del defunto sul sepolcro.

La posa contorta di questi e, soprattutto, quella del Cristo che lo sovrasta, dal movimento estremamente scomposto, sono parodia più che derivazione da Michelangelo.

Le figure delle Virtù a rilievo sul sarcofago hanno invece, con una relativa compostezza, una particolare forza plastica.

Migliore, per una sintesi più sentita e viva, è invece la statua di bronzo, con il "Redentore benedicente", opera del parmigiano Andrea Spinelli del 1554. Il modello per lo Spinelli è, evidentemente, Jacopo Sansovino da cui trae l'eleganza e la plastica morbidezza della resa.